Il territorio comunale si estende per 23,80 kmq e abbraccia tutta la superficie dell'isola, una delle maggiori dell'arcipelago toscano. Ha due soli centri: Giglio Castello, già capoluogo della comunità granducale, e Giglio Porto.
Le prime notizie storiche attendibili risalgono al IX secolo quando, in base al cosiddetto falso diploma di Carlo Magno e Leone III, l'isola del Giglio fu donata, insieme a Giannutri, all'abbazia delle Tre Fontane. Nei secoli XII e XIII fu sottoposta alla signoria degli Aldobrandeschi, che fra il 1339 e il 1345 cedettero tutti i loro diritti di possesso alla repubblica senese. Nella stessa epoca si affennò tuttavia il dominio effettivo dei pisani, che controllavano quel tratto di mare fin dall'XI secolo. Alla capitolazione di Pisa, nel 1406, l'isola passò sotto la dominazione di Firenze e vi restò fino al 1447, quando fu occupata da Alfonso di Aragona, per essere ceduta poi, nel 1460, alla famiglia Piccolomini. Nel 1559, nel quadro del riassetto territoriale seguito alla conclusione delle guerre d'Italia, fu venduta a Eleonora di Toledo, moglie di Cosimo I, alla morte della quale fu incorporata nel granducato. Soprattutto a partire dal XVI secolo fu oggetto di ripetute scorrerie di pirati, tanto da dover essere più volte ripopolata, come avvenne per esempio nel 1561, quando Cosimo I promosse l'immigrazione di una colonia di greci.
Nel passato le fonti principali di reddito erano costituite dalla pesca e dall'agricoltura: viti, cereali, alberi da frutto, noci e pochi olivi; l'allevamento era scarso e limitato a ovini e suini. Altre risorse erano costituite dai boschi di castagni e da qualche limitato giacimento di ferro. Dopo la chiusura, negli anni settanta, di una miniera di pirite che aveva assorbito quasi tutta la manodopera locale, l'economia dell'isola si è indirizzata in un primo momento verso le attività tradizionali dell'agricoltura (vite e olivo) e della pesca, mentre oggi il settore trainante è rappresentato dal turismo, collegato a una vivace attività edilizia.
La popolazione dell'isola ammonta a 1558 unità nel 1991, con una densità di 65 abitanti per kmq. Nel passato i valori demografici del Giglio erano stati di 859 unità nel 1745, 1.474 nel 1830, 2.114 nel 1881, 1.915 nel 1936, 2.356 nel 1951, 2.259 nel 1961, 1.711 nel 1971 e 1.660 nel 1981.
STEMMA: D'azzurro al castello di rosso, torricellato di due, affiancato da due gigli d'argento.
Il castello che occupa lo scudo dell’isola del Giglio ricorda il dominio della famiglia senese Piccolomini, successivo a quello degli Aldobrandeschi. I gigli alludono al nome dell’isola e si possono anche ricollegare al breve periodo in cui Firenze esercitò la sua influenza.